El Doctorado en Gestión de las organizaciones se tiene tres LGAC que tienen como propósito la profundización de conocimientos y competencias de especialización, en los que se inscribirán los trabajos finales de los estudiantes:
1. Marco económico y financiero de las organizaciones. En esta línea quedan comprendidos los estudios de diagnóstico desde la perspectiva económica, así como para diseñar e interpretar modelos, aplicar técnicas, evaluar y dar seguimiento a propuestas que impacten de manera positiva en el desempeño económico y administrativo de las organizaciones.
2. Marco administrativo y organizacional. Esta línea se refiere al estudio de enfoques y debates contemporáneos sobre las organizaciones para comprender la realidad administrativa y organizacional, desde distintas perspectivas y sus entornos para intervenir en ellas, comprender y resolver las problemáticas que enfrentan.
3. Marco del desarrollo sustentable en las organizaciones. Se consideran en esta línea los estudios que contribuyan a la elaboración de diagnósticos, diseño de propuestas de intervención, evaluación y seguimiento a proyectos que incidan en el mejoramiento de las organizaciones desde la perspectiva del desarrollo sustentable.